马拉格诺竞技队（ ）成立于1948年，是现在球队的前身。 最初，球队只是马拉加竞技队（）的附属球队。 1992年夏天西甲 马拉加，马拉加竞技解体后，马拉加诺竞技注册了自己的所有权，并取代马拉加竞技成为俱乐部。 拉加队代表。

球队本赛季开始在发展联赛打拼，当年成功升入C联赛。 然而1993/1994赛季，球队因财政问题再次重返发展联盟。 1994/1995赛季接手球队后，球队的困境逐渐发生改变。 经过短短四年的努力，马拉加终于在1999/2000赛季进入西班牙顶级联赛，一鸣惊人。 2000/2001赛季他们差一点就进入了联盟杯。

球队在2001/2002赛季仍然表现相当出色。 球队有进入欧洲赛场的一线希望。 他们不负众望西甲 马拉加，在第二赛季初就夺得了国际托托杯冠军。 他们如愿进入了联盟杯，并且一路过关斩将。 进入八强西甲 马拉加，虽然最终被葡萄牙的博阿维斯塔淘汰，但他们的表现依然得到了一致认可。

由于球队的财务问题还没有完全解决，他们只能靠卖掉球星来维持球队的运转。 尽管如此，他们还是培养出了不少优秀的球员。 而这往往成为西班牙豪门的噩梦。